Számtalan értékes iskola-, művészet- és egyháztörténeti tárgyat, valamint régiségeket, festményeket és kísérleti eszközöket őriznek a debreceni kollégium könyvtárában.
A kollégium gyűjteménye 4000 történeti, 3800 iskolatörténeti, 2000 szépművészeti, 3400 iparművészeti, 400 néprajzi tárgyból, 900 régészeti tárgyból, valamint 360 éremből áll.
Egy eredeti állapotában berendezett református elemi iskolai tantermet és a diákélettel kapcsolatos tárgyakat mutat be az iskolatörténeti kiállítás. Régi magyar ötvös remekművek, festett templomi bútorok és belső részletek, a magyar hímzéskultúra kiemelkedő darabjait képező úrasztali terítők láthatók az egyházművészetet bemutató tárlaton.

A múzeum alapjait a numizmatikai gyűjtemény teremtette meg 1745-ben. 1821-ben a debreceni rajziskola hagyatékát, 1841-ben pedig Sárvári Jakab néprajzi tárgyait vették számba. 1850-es években megindult a preparált állatok gyűjtése, a gazdag anyagból 1964-ben alakult meg a mai múzeum.